Theo đó, liên Bộ đã có hướng dẫn thực hiện chế độ phụ cấp ưu đãi theo nghề  đối với công chức, viên chức công tác tại các cơ sở y tế công lập như sau:

Cơ sở y tế công lập thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư này bao gồm: Các đơn vị sự nghiệp công lập hoạt động trong các lĩnh vực: y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh; phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần; y dược cổ truyền; dược, mỹ phẩm; an toàn vệ sinh thực phẩm, dinh dưỡng; chăm sóc sức khỏe sinh sản; phòng chống bệnh xã hội; trang thiết bị y tế; truyền thông giáo dục sức khỏe; dân số - kế hoạch hóa gia đình; Trạm y tế xã, phường, thị trấn; Cơ sở điều dưỡng thương binh, bệnh binh, người khuyết tật đặc biệt của Nhà nước. Các cơ sở y tế thuộc lực lượng vũ trang không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư liên tịch này.

Đối tượng áp dụng là: Công chức, viên chức thường xuyên, trực tiếp làm chuyên môn y tế (xếp lương theo các ngạch viên chức có 2 chữ số đầu của mã số ngạch là 16 hoặc 13) để thực hiện các công việc sau: Khám, điều trị, chăm sóc, phục vụ người bệnh và phục hồi chức năng; Xét nghiệm phục vụ cho công tác chuyên môn y tế; Chẩn đoán hình ảnh, thăm dò chức năng, y học hạt nhân, xạ trị; Giải phẫu bệnh lý; Phòng, chống bệnh truyền nhiễm, kiểm dịch y tế biên giới; Phòng chống dịch bệnh, bệnh xã hội, y học lao động và vệ sinh môi trường y tế; Kiểm soát nhiễm khuẩn, an toàn sinh học; hộ lý, y công; Kiểm nghiệm, kiểm định, giám định; Pha chế, bào chế, bảo quản, cấp phát thuốc, vắc xin, hoá chất, môi trường nuôi cấy tại các cơ sở y tế; Nghiên cứu y dược học; chỉ đạo tuyến chuyên môn kỹ thuật y tế; Chuyên môn an toàn vệ sinh thực phẩm, dinh dưỡng tiết chế; Chuyên môn dân số - kế hoạch hóa gia đình; Bảo quản, vệ sinh, trông coi xác và nhà xác.

Công chức, viên chức trực tiếp làm chuyên môn y tế (xếp lương không có 2 chữ số đầu của mã ngạch 16 hoặc 13), đang đảm nhận các công việc sau: Vận hành, bảo dưỡng trang thiết bị y tế; Nuôi, trồng động vật, thực vật, côn trùng thí nghiệm phục vụ nghiên cứu y dược học; Làm chuyên môn y tế để thực hiện các công việc truyền thông giáo dục sức khoẻ.

Công chức, viên chức làm công tác quản lý, phục vụ không trực tiếp làm chuyên môn y tế tại các cơ sở, viện, bệnh viện, trung tâm thuộc các chuyên khoa sau: HIV/AIDS, phong, lao, tâm thần, giải phẫu bệnh lý và pháp y.

Thông tư quy định rõ thời gian không được tính hưởng phụ cấp ưu đãi theo nghề y tế bao gồm: Thời gian đi công tác, làm việc, học tập ở nước ngoài hưởng 40% tiền lương theo quy định tại khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP; Thời gian đi học tập ở trong nước liên tục trên 3 tháng, không trực tiếp làm chuyên môn y tế theo nhiệm vụ được phân công đối với công chức, viên chức; Thời gian nghỉ việc không hưởng lương liên tục từ 1 tháng trở lên; Thời gian nghỉ việc hưởng bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; Thời gian tạm giam, tạm giữ, tạm đình chỉ công tác hoặc đình chỉ làm chuyên môn y tế từ 1 tháng trở lên; Thời gian được cơ quan có thẩm quyền điều động đi công tác, làm việc không trực tiếp làm chuyên môn y tế liên tục từ 1 tháng trở lên.

Điều 4 của Thông tư quy định mức phụ cấp, cụ thể như sau:

1. Mức phụ cấp 70% áp dụng đối với công chức, viên chức thường xuyên, trực tiếp làm các công việc quy định tại Khoản 1, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP.

2. Mức phụ cấp 60% áp dụng đối với công chức, viên chức thường xuyên, trực tiếp làm các công việc quy định tại Khoản 2, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP.

3. Mức phụ cấp 50% áp dụng đối với công chức, viên chức thường xuyên, trực tiếp làm các công việc quy định tại Khoản 3, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP.

4. Mức phụ cấp 40% áp dụng đối với công chức, viên chức (kể cả cán bộ chuyên môn y tế của trạm y tế xã, phường, thị trấn) thường xuyên, trực tiếp làm các công việc quy định tại Khoản 4, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP;

5. Mức phụ cấp 30% áp dụng đối với công chức, viên chức sau đây:

- Công chức, viên chức thường xuyên, trực tiếp làm chuyên môn y tế để phục vụ công tác truyền thông giáo dục sức khỏe quy định tại điểm a, Khoản 5, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP;

- Công chức, viên chức thường xuyên, trực tiếp thực hiện các công việc chuyên môn y tế về dân số - kế hoạch hóa gia đình (kể cả cán bộ làm công việc chuyên môn về dân số - kế hoạch hóa gia đình tại xã, phường, thị trấn) quy định tại điểm a, Khoản 5, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP;

- Công chức, viên chức quản lý, phục vụ không trực tiếp làm chuyên môn y tế tại các cơ sở, viện, bệnh viện, trung tâm thuộc các chuyên khoa sau: HIV/AIDS, phong, lao, tâm thần, giải phẫu bệnh, pháp y, quy định tại điểm b, Khoản 5, Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP.

6. Đối với công chức, viên chức không trực tiếp làm chuyên môn y tế; công chức, viên chức y tế làm công tác quản lý, phục vụ tại các đơn vị sự nghiệp y tế công lập (trừ đối tượng quy định tại điểm c, khoản 5 Điều này), viên chức làm công tác chuyên môn y tế tại cơ quan, đơn vị, trường học thì thủ trưởng đơn vị căn cứ vào đặc thù công việc và nguồn thu để xem xét quyết định áp dụng mức phụ cấp quy định tại Khoản 6 Điều 3 Nghị định số 56/2011/NĐ-CP.

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định rõ về cách tính phụ cấp, nguồn kinh phí chi trả phụ cấp ưu đãi theo nghề, nguyên tắc áp dụng.

Thông tư liên tịch có hiệu lực thi hành kể từ ngày 05/03/2012. Chế độ phụ cấp ưu đãi theo nghề quy định tại Thông tư liên tịch này được tính hưởng kể từ ngày 19/08/2011.